三方流式细胞术数据分析软件Flowjo软件是目前发表研究文献当中展示流式细胞术数据时使用最多的软件（>97%），可以绘制精美的数据图形，功能多样，提供完善的流式数据手工圈门、自动计算补偿矩阵等常规分析功能。Flowjo通过一系列插件可以提供t-SNE、flowSOM、UMAP、Phenonograph、Xshift等算法，对多参数流式细胞术数据进行降维、聚类等自动化分析。通过插件还提供数据清洗、实验数据批次间差异校正、多种可视化展示等多种功能。这些高阶功能以图形化界面进行操作，简单易用。Flowjo软件还整合了细胞周期、细胞增殖实验数据的拟合分析等功能，可以非常方便地使用。
