蛋白纯化系统是快速将生物体内蛋白质分子以及其他分子分离纯化的一套自动化系统。它利用凝胶过滤、离子交换、疏水、亲和等层析技术，按照特异性蛋白质分子分子量、带电特性、亲和特性等方面的特征快速纯化出来；对人类组织中的有价值目标分子进行高纯度的、快速的制备纯化，是目前生命科学研究中的重要步骤，而蛋白纯化系统又是进行此项研究的必备工具。