1、分子生物学方面：1）研究各种处理对细胞mRNA含量变化的影响2）比较染病组织与正常组织中各种mRNA含量差异3）DNA或RNA的转染量与实验结果关系的研究4）基因整合拷贝数的研究2、基因突变扫描。检测杂合子SNP、区段/碱基缺失、前后重复、杂合子缺失1）样本中特定突变位点（SNP）的筛查。2）疾病相关基因（癌基因）特定区段突变位点的扫描，新突变的发现。3）遗传育种中特定突变的筛查、未知突变的发现。4）植物抗逆性，突变与性状关联性的研究。5）动植物品质相关多态性位点的研究等。3、等位基因频率分析1）SNP频率分析。