超高效液相色谱仪主要应用于（1）药物分析如天然产物中复杂组分的分析（2）生化分析如蛋白质、多肽、代谢组学等生化样品（3）食品分析如食品中农药残留的检测（4）环境分析如水中微囊藻毒素的检测（5）其他如化妆品中违禁品的检测超高效液相色谱仪尤其对中药研究领域的发展是一个极大的促进。中药的组分复杂，分离困难等问题都可以通过超高效液相色谱法逐渐解决。在同样条件下，UPLC能分离的色谱峰比HPLC多出一倍还多。在同样条件下，UPLC的分辨率能够认出更多的色谱峰。相信在分析实验室中超高效液相色谱会越来越普及，让液相色谱法得到飞跃和进步。