（1）分子量测定：可用于蛋白，多肽，多糖，核酸，多聚物，小分子化合物等样品的分子量快速测定；样品中杂质的快速检测，并能提供杂质的分子量信息。2）利用肽质量指纹谱（PeptideMassFingerprinting,PMF）进行蛋白鉴定：PMF技术是利用特异的蛋白酶（如：胰蛋白酶，Trypsin）将蛋白分子酶解为肽段，然后经质谱仪测定酶解后样品中肽段的精确质量，再与蛋白库中蛋白氨基酸序列进行比对进行蛋白鉴定的技术，利用MALDI-TOF做PMF分析具有速度快，节省样品和试剂的特点。3）基于二级质谱的蛋白鉴定：MALDI-TOF具有LID（激光诱导解离），CID（碰撞诱导解离）和ISD（源内裂解）三种裂解方式，能进行基于一级精确质量和二级碎片离子进行蛋白鉴定和序列分析；4）利用LC-MALDI技术对复杂蛋白样品进行蛋白组学分析：酶解后的蛋白样品经过纳升高效液相分离，和液相串联的自动点靶仪收集分离后的组分并点在MALDI靶板上用于MALDI-TOF一级质谱和二级质谱分析；（5）微生物快速鉴定与分类：利用BioTyper技术对分离纯化后的微生物进行菌种鉴定。