该设备主要涉及蛋白质组学，包括未知肽段的筛选、测序，肽质量指纹图谱，表达谱，相互作用图，修饰谱（翻译后修饰PTM），位点研究，标记或非标定量，全蛋白分析等。小分子上的应用主要包括药物研发、生物化学（受体、激素等）、环境和食品安全（目标化合物筛选和测定）、代谢组学研究等。